Tribunal Supremo, Sala de lo Contencioso-Administrativo, Sección Segunda · Rec. 5852/2023
La STS 988/2026 analiza el alcance de las facultades de comprobación de la Administración tributaria sobre los saldos de IVA pendientes de compensación cuando su origen se encuentra en períodos respecto de los cuales ya ha prescrito el derecho a liquidar.
El Tribunal Supremo concluye que la prescripción del período de origen no impide comprobar la realidad y cuantía de esos saldos cuando se aplican en un período posterior no prescrito. La clave está en distinguir entre el derecho a liquidar un período ya prescrito y la potestad de comprobar un crédito fiscal que continúa produciendo efectos en ejercicios abiertos a regularización.
Supuesto de hecho
La entidad afectada fue objeto de actuaciones inspectoras por IVA correspondientes a los ejercicios 2015 a 2018. Durante el procedimiento, como consecuencia de la superación del plazo máximo de las actuaciones, prescribió el derecho de la Administración a liquidar los tres primeros trimestres de 2015.
No obstante, el cuarto trimestre de 2015 permanecía abierto a comprobación. En dicho período la sociedad había incorporado un saldo de IVA pendiente de compensar procedente de períodos anteriores. La Inspección verificó ese saldo y la entidad sostuvo que, al haber prescrito los períodos en los que se había generado, la Administración debía aceptar el importe declarado sin poder volver a examinar su origen o cuantía.
Cuestión jurídica
La cuestión de interés casacional consistía en determinar si la Administración puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando dichos saldos se aplican en períodos posteriores no prescritos.
La controversia se centraba en la interpretación de los artículos 66 bis y 115 LGT y, en particular, en si la referencia legal a bases o cuotas pendientes de compensación comprende también el saldo de IVA resultante del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.
Doctrina del Tribunal Supremo
El Tribunal Supremo parte de la autonomía entre la potestad de liquidar y la potestad de comprobar. La prescripción impide determinar nuevamente la deuda tributaria de un período ya cerrado, pero no impide examinar hechos, elementos o créditos fiscales nacidos en ese período cuando continúan desplegando efectos en otro período que todavía puede ser liquidado.
Para la Sala, los saldos de IVA pendientes de compensación tienen naturaleza de auténticos créditos fiscales. Aunque la Ley del IVA utilice la expresión “saldo” y el artículo 66 bis LGT se refiera a “cuotas”, la diferencia terminológica no altera su función económica: se trata de cantidades generadas en un período que reducen la deuda tributaria de períodos posteriores.
Por ello, la Administración puede comprobar su realidad y cuantía cuando esa verificación sea necesaria para determinar correctamente la obligación tributaria correspondiente a un período no prescrito, respetando el límite temporal y las condiciones del artículo 66 bis LGT.
La prescripción del origen no consolida el saldo a compensar
La sentencia rechaza que la prescripción convierta automáticamente el saldo declarado en un importe intangible para la Administración. Si el contribuyente pretende utilizar ese crédito fiscal en un período posterior, la Administración puede comprobar que el saldo existe y que su cuantía es correcta, sin que ello suponga reabrir o liquidar el período ya prescrito.
La consecuencia práctica es relevante: la firmeza derivada de la prescripción afecta a la liquidación del ejercicio de origen, pero no necesariamente a los elementos fiscales que siguen proyectándose sobre ejercicios futuros.
Relevancia práctica
La doctrina refuerza la necesidad de conservar la documentación justificativa de los saldos de IVA pendientes de compensar durante todo el plazo en que puedan ser objeto de comprobación conforme al artículo 66 bis LGT, aunque los períodos en los que se originaron ya no puedan ser liquidados.
En procedimientos de comprobación de ejercicios posteriores, la discusión deberá centrarse en si el saldo arrastrado constituye efectivamente un crédito fiscal pendiente, si la Administración actúa dentro del plazo legal de comprobación y si la verificación resulta necesaria para regularizar un período todavía no prescrito.
En el caso resuelto, el Tribunal Supremo desestimó el recurso de casación y confirmó la posibilidad de comprobar el saldo de IVA trasladado al cuarto trimestre de 2015.
Conclusión
La STS 988/2026 fija como doctrina que, tras la reforma de 2015, la Administración tributaria puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando se aplican en períodos posteriores no prescritos. La prescripción impide liquidar el período de origen, pero no impide verificar un crédito fiscal que continúa produciendo efectos en una obligación tributaria abierta a regularización.